Как указывалось выше, СФТ осуществляется через рефлексогенные зоны кожи (РЗК). Установлено, что лечебно-профилактическая эффектив­ность СФТ через кожные покровы тела существенно возрастает при воздействии на наиболее активные (болезненные) рефлексогенные зоны кожи (АРЗК), часто соответствующие зонам Захарьина-Геда. Саногене­тические эффекты увеличиваются при ещё более локализованных воздействиях  на акупунктурные, или биологически активные точки и меридианы в целом. Преимущества воздействия на БАТ обусловлены тем, что при этом обеспечивается более целенаправленное воздействие на органы и ткани  мишени, повышается биодоступность терапевтического воздействия, а желаемые лечебно-профилактические эффекты развиваются при незначительной интенсивности излучения.
Человеческий организм  богатейшая информационная система, состоящая из множества биологических датчиков и приемников информации. Кожа человека содержит большое количество сенсорных приемо-передающих биоэлементов, которые принимают из окружающей среды важную для организма информацию и несут тончайшую информацию обо всех процессах, происходящих в организме. Они сконцентрированы в РЗК и максимально – в БАТ.
Структуры БАТ, принимая информацию об изменении состоянии внутренних органов, изменяют свою электрическую проводимость, температуру, болевую чувствительность. При соответствующей обработке такая информация позволяет создать подробную картину происходящих внутри организма процессов. Таким же образом структуры БАТ, воспринимая сигналы внешнего воздействия (механических, тепловых, электрических, магнитных, световых, химических), способны обрабатывать и ретранслировать их в системы управления организмом человека.
В представляемой технологии СФТ в качестве внешних терапевтических факторов используются световой (линейчатый спектр испускания возбужденного атома химического элемента) и химический (кожная аппликация водного раствора соли химического элемента) сигналы. В результате такого совместного воздействия четко фиксируется изменение чрезкожной проводимости в зоне БАТ, а повторная пальпация данного кожного участка показывает снижение ее болевой чувствительности.
Самым важным показателем эффективности СФТ является изменение в системном кровотоке концентрации биоэлементов. Наиболее активный транскутанный перенос (фотофорез) химического элемента из раствора аппликации происходит при воздействии на РЗК светом лампы, в состав катода которой входит данный химический элемент. Специально проведенные исследования [Рукин Е.М. и др. Чрескожный фотофорез ионов металлов с использованием излучателей линейчатого спектра химических элементов, 2010] с применением аппликаций растворов солей калия, кальция, натрия, магния, меди, марганца подтверждают данный эффект.
В исследовании на крысах [Мельникова В.И. и др. Репаративная регенерация тканей кожи крысы под действием излучения лампы полого катода с линейчатым спектром марганца и меди, 2010] показано, что в результате 15-минутного воздействия лампой с линейчатым спектром испускания марганца и меди на кожу происходит двукратное увеличение уровня концентрации этих элементов в периферической крови, тогда как в случае предварительной обработки кожи растворами солей указанных элементов и последующего воздействия данной лампой  приводит к увеличению уровня марганца в периферической крови уже в 17 раз.
Очевидное участие фотофореза в наблюдаемых эффектах не исключает и других возможных механизмов развития лечебно–профилактических эффектов СФТ. В коже и подкожных слоях присутствуют металлоферменты, активность которых меняется при резонансном поглощении света от внешнего источника. Изменение же активности металлоферментов приводит к запуску различных внутри- и межклеточных химических реакций как непосредственно в зоне воздействия, так и в рефлекторно связанном с ней внутреннем органе (органах). На примере иммобилизированной глюкозооксидазы показано, что излучение света с вполне определенным спектральным составом может специфически активировать данный фермент. Например, из 15-ти исследованных излучателей, только два, со спектрами испускания ванадия и кобальта, достоверно увеличили скорость глюкозооксидазной реакции [Мигунов С.А. и др. Рефлексогенный механизм действия спектрального облучателя «СПЕКТО-Р» на иммобилизованные ферментные системы, 2006].
Как известно, химические элементы, содержащиеся в организме в малых и сверхмалых количествах (макро- и микроэлементы) участвуют в процессах обмена белков, жиров и углеводов, образовании ферментов, гормонов, витаминов и других биологически активных веществ. Поэтому восполнение дефицита и регуляция их обмена в организме являются важнейшими составляющими предупреждения развития и коррекции разнообразных патологических процессов [18÷20].

Зависимость всех физиологических и патофизиологических процессов от обмена химических элементов позволяет рассматривать СФТ как наднозологическую технологию, целесообразную для профилактики и лечения многих известных патологических состояний и заболеваний. Относительно узкий круг противопоказаний, комфортность, возможность применения в комплексе с другими методами лечения, отсутствие инвазивных процедур обеспечивают эффективность использования СФТ в стационарных, амбулаторных, санаторно-курортных и домашних (под контролем лечащего врача) условиях.